自分の命が惜しくねえヤツにゃ　他人の命の重さなんぞ、絶対にわからねえからよ！くっそオオ～～オレは命は惜しーぜ。

自分の命が惜しくねえヤツにゃ　他人の命の重さなんぞ、絶対にわからねえからよ！くっそオオ～～オレは命は惜しーぜ。

からくりサーカスとは

サーカス編とからくり編はストーリーの区切りが付くたびに交代で語られる。

プロローグ

小学5年生の才賀勝は、父親である大手家電メーカー"サイガ"社長・才賀貞義の死により180億円の遺産を相続。これによって異母兄弟から命を狙われていたところを加藤鳴海と「しろがね（エレオノール）」に助けられる。しかし、叔父の才賀善治に誘拐された勝を救出した鳴海は爆発に巻き込まれ、切断された片腕を残して行方不明となる。

サーカス編

残された勝とエレオノールは追っ手から逃れるため旅芸人のサーカス一座「仲町サーカス」で生活を始め、人々と触れ合うことで徐々に成長することとなる。

追手との戦いの中で、本人達も知らなかった勝とエレオノールの持つ出生の秘密が明らかになっていき、勝はエレオノールに守られる立場から、エレオノールを守る者としての自覚を持ちはじめる。

からくり編

死亡したと思われた鳴海は人形破壊者「しろがね」のギイに命を救われており、片腕と記憶を失くして自らも人形破壊者となっていた。

自動人形を追う旅を続けるうちにゾナハ病の真実を知った鳴海は、人形を破壊することだけを自分の使命とするようになっていく。

自動人形との激戦の最中、多くの仲間の犠牲と引き換えに命を存えたことによって、その使命は彼個人の感情を塗り潰してしまうほどに、さらに重くのしかかるようになる。

からくりサーカス編（本編）

勝はこの戦いの真の敵からエレオノールを守るためにサーカス団を離れ、黒賀村の阿紫花家に居候し、ギイより懸糸傀儡の特訓を受ける。

そして、勝の実力は急上昇し刺客を悉く撃退していく。

また、人形相撲などの行事を通して、黒賀村の人々とも親睦を深めていく。

そして鳴海はそれとほぼ入れ替わりでエレオノールの前に現れ、フランシーヌ人形の生まれ変わりと信じる彼女からゾナハ病の止め方を聞き出すべく仲町サーカスに加わる。

機械仕掛けの神（デウス・エクス・マキナ）

勝が黒賀村で修行、刺客の撃退を始めてから8ヶ月が経ったある日、仲町サーカスが黒賀村を訪れる。

仲間達との再会を喜ぶ勝だったが、ゾナハ蟲が突如活性化、世界中の人間がゾナハ病に感染してしまう。

無事だったのは「しろがね」とその血を飲んだ者、そして「しろがね（エレオノール）」と長い間、共に過ごして免疫がついた仲町サーカスのメンバーのみ。

「しろがね」の200年に及ぶ長い戦いの決着が、そして勝、エレオノール、鳴海の最後の戦いの火蓋が切られる。なお、デウス・エクス・マキナは演劇用語でもある。